Болката во стомакот е чест симптом кај бебињата и малите деца. Постојат теории според кои во најмалата возраст стомачето на бебето е местото каде се рефлектираат болните сензации од различни локации на телото.

Во овој случај потребен е педијатриски преглед со цел утврдување на вистинската локација на болката, која детето ја опишува како нелагодност во стомачето. Овие состојби релативно тешко се препознаваат кај најмалите.

Кај новородените и доенчињата симптоми при болка во стомачето се плачење, иритабилност (раздразливост), нагло одбивање храна, гасови, тврдо и напнато стомаче и др. Олеснувачка околност е тоа што кај овие деца состојбата може да се поврзе со јадењето или со промените на столицата како запек, пролив итн. Така може полесно да се открие и да се интервенира на време. Кај најмалата возраст болката може да биде предизвикана од грчеви во стомачето, појава карактеристична за првите три месеци по породувањето. Грчевите се најчесто безопасна појава која сама поминува по 6. месец.

Нетолеранцијата кон лактоза е вродено заболување придружено со болка во стомакот и дијареа. Бара целосно отстранување на лактозата од исхраната на бебето, во консултација со доктор. Најтешко пореметување кај новороденчињата и доенчињата кое оди со болка во стомакот и бара итен хируршки третман е интусусцепцијата. Таа настанува со вовлекување на еден дел од дебелото црево во друг. Кај интусусцепцијата болката е во вид на класична колика, со повеќекратни периоди на изразено плачење, меѓу кои има периоди на мир. 
Други, посериозни пореметувања кои може да предизвикаат стомачни болки кај бебињата и малите деца се гастричен рефлукс, пилорна стеноза, труење со храна, инкарцерирана ингвинална хернија (кила), торзија на тестис кај машките деца, уринарна инфекција и др.